El truco se divide en dos partes
a- un layer donde está el menú (o lo que quieras que vaya sobre el objeto de flash o combos) zindex=2
b- otro layer donde va el flash o los combos zindex=1
En cuanto a lo flash si mal no entendí radica en como lo definen y dan propiedades:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="hamerer.swf" width="200" height="200">
<param name="movie" value="hamerer.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent" />
</object>
creo que lo mas importante es:
<param name="wmode" value="transparent" />
Pero realmente no me detuve a examinar bien todo.
Como decía para el flash player opensource no funciona.
Desconosco si para mac u otros players para linux si lo hace.
Sería interesante averiguarlo para ver que tan viable es la solución en cuanto a layers sobre contenido flash.
En cuanto a layers sobre combos funciona en todos los browsers y unix y win32.
Ojalá alguien más pueda testearlo.
Saludos.