El script en sí debe ir entre <head> y </head> de la página html en donde esté insertado el flash.
Y la llamada a la función para abrir cada imagen la pones en los botones flash.
Si quieres que al pinchar sobre una imagen en flash se abra la ventanita deberá de ser un symbol de tipo botón y le pones la acción
getURL("javascript
:afoto('imagen.jpg','titulo de la ventanita es opcional')")
cambia imagen.jpg por el nombre de archivo de la imagen que quieras que cargue en la ventana (o la ruta en donde se encuentren) y lo que va detrás de la coma (,) es opcional. Puedes poner un título por defecto (a especificar en el script que has de poner en el html) y que todas las ventanas se abran con el mismo título o bien, detrás de la coma poner el título que quieras para cada imagen.