Para eso tienes que recurrir a una función en javascript
tienes que poner en el popup, entre el head y el body lo siguiente:
<script>
function centrar() {
iz=(screen.width-document.body.clientWidth) / 2;
de=(screen.height-document.body.clientHeight) / 2;
moveTo(iz,de);
};
</script>
y luego, en la etiqueta body llamas a la función para que se ejecute cuando se cargue la página:
<body onload="centrar()">
espero haberte ayudado
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