si tienes los datos de los archivos en una base de datos, puedes usar este codigo:
Código PHP:
mysql_connect("localhost","nombre","clave");
$consul = "select tamano,nomb,url from archivos where id=".$_GET['id'];
$resul = mysql_query($consul);
$reg = mysql_fetch_array($resul);
header("Content-Disposition: attachment; filename=".$reg['nomb'].";");
header("Content-Type: application/force-download");
header("Content-Length: ".$reg['tamano']);
readfile($reg['url']);
exit;
Con esto, forzarás la descarga del archivo