el exec() lo puedes utilizar para ejecutar programas independientes de php, si le mandas esta sentencia: exec("unzip $nombreArchivo") supone que el servidor va ejecutar un proceso llamado unzip de alguna aplicacion que descomprime carpetas.
puedes utilizar las funciones del modulo ZZIPlib para descomprimir los archios con PHP, checate esta página:
http://php.us.themoes.org/manual/es/ref.zip.php