Pues el usar el bootmagic puede que sea el problema, deberías probar a dejar sólo el Grub. Otra opción es usar el
http://qtparted.sourceforge.net/, es un partition magic para linux, aclaro que otros deben de dar su opinión sobre el qtparted pues en lo personal no lo he usado.
Ojalá te ayude en algo. Saludos!