Si te entendi bien, lo que debes hacer es en tu botonera en fireworks asignarle en "Target" la opcion "_Blank". esto lo que hara es abrirte la el vinculo en una ventana nueva e independiente a tu pagina principal. Lo que no me queda claro es que al parecer tu quieres abrir dos paginas tipo Pop-up al mismo tiempo luego de dar click. Lo que se, es que no se pueden abrir dos paginas al mismo tiempo dando un click (esto en HTML, creo que en otros lenguajes como PHP si es posible esto). Pero al idear esta respuesta se me ocurrio lo siguiente, en tu popup menu diseñado en fireworks asigna como "Target" a una de las paginas que desees abrir con ese Click y dentro de esta coloca tu script onload window.open que mencionas o sino usa uno de los behaviors (comportamientos) de dreamweaver (creo que se llama "Open Window" y como accion encontraras varias opciones como por ejemplo "onclick, Mouseover, MouseOut,etc...") el que a nosotros nos interesa es el que diga "Onload" es decir que ejecutara el Behavior (comportamiento) al cargar la pagina que se abre cuando tu le das click al boton del popup menu. Esta seria a grandes rasgos la rutina
1.- Das click en tu boton
2.- esta accion abre una ventana (La primera ventana).
3.- al abrir esta ventana (la primera) se cargara la segunda ventana
y asi se lograra el resultado que buscas
espero haber entendido tu problema.
no dudes en preguntar