entiendo, bueno, supongo que será una errata pero en
var url="modificar.php?id="+id+"&uni="+document.forms[0].uni.value";
sobran las comillas del final.
Lo que tienes que hacer es los siguiente. Para el input text esto:
<input type="text" name="uni<?=$indice?>" SIZE=1 MAXLENGTH=1 value=<?=$productosCesta[$indice][3];?>>
En el enlace esto:
<a href="javascript
:void(0)" onclick="javascript
:modificar(<?=$productosCesta[$indice][1]?>,document.forms[0].uni<?=$indice?>.value)">Modificar</a>
y en la funcion esto:
function modificar(id,uni){
var url="modificar.php?id="+id+"&uni="+uni;
self.location.href=url;
}
Pero haz el bucle con los input text pero no con los form, es decir, que sea sólo haya un <form>