Problemas con el Tomcat y el uso de la clase Runtime metodo exec

[crainar]

Hola a todos tengo un problema a la hora de usarlo en el tomcat, cada vez que ejecuto algo con el metodo exec, de la clase Runtime, tanto si es guardando el proceso en un Process como ejecutandolo solamente o con lo que sea, cuando termina de ejecutar el comando en cuestion el Tomcat muere, muere el proces!!! y me quedo sin Tomcat, teniendo que volver a arrancarlo.

Alguien sabe por que me ocurre esto?

Estoy desesperado.

Gracias por adelantado.