Hola Vistor Blader:
El salto de línea es "\n", y si es principio o final de línea podrías concatenarlo...
function eliminar(texto, valor) {
// texto es el textarea
// valor es lo que quieres eliminar
return texto.replace("\n" + valor, "");
}
No sé si se parecerá a tu función, sino será cuestión de que la adaptes.
Saludos