Ok, se me ha olvidado antes.jejeje
Eso es porque esa ventana no se ha abierto con javascript.
Cuando carges la ventana principal, la de marcos, ponle este script al principio, entre el <head></head>
Código:
<script languaje='javascript'>
window.opener=self
</script>
Así ya no te preguntará, la cerrará directamente.
Salu2
