Aunque tu post lo veo mas enfocada a Javascript..,

creo que te podremos ayudar..
Cita: como puedo colocar la ventana popup en una posición, y en concreto, en el centro de la pantalla.
Puedes hacer ésto:
Cita: <html>
<head>
<script language="javascript">
function centrar() {
iz=(screen.width-document.body.clientWidth) / 2;
de=(screen.height-document.body.clientHeight) / 2;
moveTo(iz,de);
}
</script>
</head>
<body onLoad="centrar()">
...
Salu2