Para cerrar una ventana padre se necesita una confirmación manual. Solo se pueden cerrar las ventanas hijas (no abiertas manualmente por el usuario) con window.close().
Hay varias posibilidades alternativas pero no funcionan en todos los navegadores, ni en todas las versiones, sobre todo por temas de seguridad informática.
http://www.tecnocodigo.com/dipro/js/...es&articulo=17 http://www.tecnocodigo.com/dipro/js/...es&articulo=22