Mplus, no puedes hacer uso de javascript del lado cliente mientras se está ejecutando en el servidor. El javascript funcionará cuando el servidor haya terminado de hacer lo que tenga que hacer y haya enviado el resultado al cliente.
Lo más sencillo que puedes hacer es asignar a cada tabla un máximo de n filas a medida que las va escribiendo el servidor
algo tipo
contador = 0
bucle que crea la tabla
escribe fila con el registro
condición: si contador < cantidadMáximadeFilas
incrementa en 1 la variable contador
else
escribe la cabecera
contador = 0
fin condición
Te lo he puesto así porque no sé qué lenguaje del lado del servidor estás usando, pero puedes aplicar la idea
JavierB y caricatos ... ¿yá hicieron el parte para el seguro?
Un saludo a los 3