El problema es que "www.sitiouno.com/bases/baseA.mdb" no tiene porque ser lo mismo (y seguramente no lo será) que "d:\misitio\bases\acceso.mdb"
El problema es que estás cambiando una ruta relativa a un dominio, por una ruta física en disco duro, y eso no es lo mismo.
Seguramente, tu servidor de hosting te habilita un espacio "por detrás" del dominio para que subas las bases de datos, para que no puedan ser descargadas, y solo puedas acceder por ruta física -> d:\misitio\bases\acceso.mdb
Para que te hagas una idea, tu puedes tener tu página web físicamente en el disco duro en esta dirección: d:\web\sitios\usuario\sitiouno.com\home\, y cuando tu pones
www.sitiouno.com está cargando los archivos que se encuentran en la carpeta "home", y las bases de datos se encuentran en otra ruta física diferente, como seguramente será tu caso.
Tampoco nos dices si el dominio1 y el dominio2 están en el mismo servidor. Si los dos dominios están en el mismo servidor, seguramente el administrador del hosting te dará las instrucciones para que puedas acceder a esa BBDD por ruta física, o puede que te cree una DSN para que accedas por ODBC.
En cualquier caso, intenta hablar con los de tu hosting.
Un saludo