Con array_merge sería algo como esto:
Código PHP:
<?php
$array1 = array("color" => "red", 2, 4);
$array2 = array("a", "b", "color" => "verde", "shape" => "trapezoide", 4);
$result = array_merge($array1, $array2);
print_r($result);
?>
sin embargo no veo por ningún lado que elementos tiene el arreglo $micompra. LO que podrías hacer es meter los valores de $referencia en un arreglo y los de $cantidad en otro y entonces sería algo como esto:
Código PHP:
$cantidad = array($val_cantidad);
$referencia = array($val_referencia);
$micompra = array_merge($referencia,$cantidad);
Salu2