1) para hacer un flash transparente : esto se hace en tu pag no en el movie
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0" width="170" height="90" id="logo" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="movie" value="logo.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent" /><param name="bgcolor" value="#ffffff" />
<embed src="logo.swf" quality="high" wmode="transparent" bgcolor="#ffffff" width="170" height="90" name="logo" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
2) para hacer que se ponga sobre un texto deberias poner tu pelicula en un Layer flotante sobre el texto que escribiste
pd: para que flash cuando lo compiles escriba solito el codigo para que se vea transparente un movie debes cambiarlo en Archivo>Configuracion de exportacion te vaz a la aleta HTML y en donde dice
Modo de ventana debes seleccionas la opcion Transparente sin Ventana