Bueno, ya encontre una solución a mi problema, sencillamente evito que se guarde en la caché del navegador la página que se abre en la ventana modal utilizando etiquetas <META>
<META HTTP-EQUIV="Cache-Control" CONTENT ="no-cache">
<META HTTP-EQUIV="Pragma" CONTENT="no-cache">
<META HTTP-EQUIV="Expires" CONTENT="Tue, 01 Jan 1980 1:00:00 GMT">
(Utilizo las 3 para que funcione en distintos navegadores).
No era la idea que tenía, pero también me sirve
En cualquier caso el tema de las ventanas modales de IExplorer me parece muy interesante y util, así que si alguien quiere comentar algo...
Un saludo!