Alexertech,
Es muy dificil poder darte recomendaciones precisas por cuanto no das muchas luces de como esta configurada tu red, lo ideal segun mi modesta opinion, es contratar a un profesional para que te instale todo lo necesario y asi poder realizar la labor de auditoria.
Por otro lado, si tu quieres enfrascarte en el asunto, hay muchisima documentacion en Internet al respecto, solo tienes que usar Google y leer bastante
TIP: Uses Linux o Windows, Snort (
http://www.snort.org/) es una magnifica alternativa