Hola, compañero:
Esa cuestión se ha tratado en numerosas ocasiones en este foro, por lo que te recomiendo que uses el buscador del mismo.
De todas maneras, puedo decirte que la animación de Flash siempre se pondrá por delante, así que, seguramente, tendrás que colocarla en otro lugar de la página.
Un saludo
