Si pones el código que usas sería lo ideal ..
PHP tiene y le dá un tiempo máximo de ejecución a un script .. también le otorga una cantidad de memoria al mismo .. así que si alguno de esos parámetros es sobrepasado por intentar ejecutar un proceso que demore más tiempo (o consumo de memoria) del que usa PHP por defecto .. podrías esperimentar esos problemas.
Revisa la funcion:
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limint
Y la directiva de configuración de PHP.ini:
memory_limit
http://www.php.net/manual/en/configu...directives.php
Un saludo,