Tan sólo debes componer tu "window.open" de javascript y donde dice su sintax "aquí va el URL de la página que ha de abrirse" . .colocas tu URL completo con las llamadas a tus variables por GET (sólo se puede por GET en principio):
Código PHP:
< ...... onEvento="window.open('url.php?1=hola&2=atodos','nombre_ventana','propiedades')" >
Un saludo,