Hola de nuevo.
Aproximadamente podría quedar así:
Código PHP:
var elmTBODY = document.getElementById('CuerpoTabla');
var elmTR;
elmTR = document.createElement('tr');
for (var i=0; i<3; i++) {
elmTD = document.createElement('td');
elmInp = document.createElement('input');
elmInp.id='algo';
elmTD.appendChild(elmInp);
elmTR.appendChild(elmTD);
}
elmTBODY.insertBefore(elmTR,elmTBODY.childNodes[2])
Espero que te funcione. Saludos,