Hola, Maria1984:
¿Es un logotipo complejo? Yo, si no es demasiado complicado, lo redibujaría en Freehand, quedándome vectorial y así no tenerme que preocupar de la resolución ni de molestos fondos blancos.
Si, así y todo, decides escanearlo, obtén una imagen de, al menos, 300 ppp. En Photoshop puedes crear un trazado alrededor del logotipo y convertirlo en trazado de recorte. Una vez creado el trazado de recorte has de guardar la imagen en un formato EPS. Yo suelo utilizar DCS 1.0 si no tiene tintas planas (sólo CMYK) y DCS 2.0 si las tiene (un Pantone, por ejemplo).
Espero que esto te sea útil. Un saludo