Hola a todos:
Este tema me resulta un poco extraño, pero creo que la solución más sencilla, es usar un popup en uno, y en el otro usar el sistema que se prefiera...
En las FAQs de javascript, puse un sencillo ejemplo para enviar un formulario a un popup...

... cambiando el action se puede enviar a distintos CGIs y cambiando el target se pueden usar distintas ventanas (luego sería conveniente cerrar las ventanitas...

)
Saludos