El código PHP no no verá nunca nadie .. y si entra ese supuesto "hacker" al servidor ya verá tus própias "semillas" que uses para "desencriptar" tu código.
Lo que tendrías que preocuparte es de "cerrar la puerta" y no de "esconder las joyas" en tu casa ...
Es decir, mejorar la seguridad de tu servidor en general.
De todas formas .. si quieres .. puedes probar el Zend Encoder (
www.zend.com del paquete Zend Studio) que sirve para distribuir aplicaciones sin entregar el código funte (no es exactamente un "compilado" pero se asemeja). Requiere de instalación de esa extensión en el servidor que tengas que usar tu aplicación.
Un saludo,