Hola,
que version usas de Mysql?
(opcion para Windows)
si es anterior a la 4.0, creo que tendras que cambiar el ejecutable con el que se lanza el servidor mysql. Busca en la carpeta bin del directorio donde tengas instalado Mysql y ejecuta mysql_max.exe o mysql_nt_max.exe, segun tengas W9x o Windows NT, XP... En el winmysqladmin selecciona ese ejecutable en una de las pestañas (creo que server, pero busca de todas formas...).
Si la version es 4.0.x viene activada por defecto esta opcion.
un saludo.