Solo una puntualización, el archivo boot.ini, normalmente no se ve en windows 2000, ni aunque pongas en el menú Herramientas-->Ver-->Archivos Ocultos.
Y desde el miPC-->Propiedades-->Inicio y Recuperación, tal vez no te deje editar el boot.ini.
Para poder vero y eliminar el que no quieras te recominedo otra forma más sencilla.
Inicio-->Ejecutar--> (ahorab escribe boot.ini) y darle al intro.
Ahora estárás viendo el boot ini en texto llano.

Cuidado con la opción que borras, sino después tendrás problemas para arrancar.
(Antes de borrar nada asegurate de que borras la linea correcta.

)
Salu2