No sé como definiran las cookies esas aplicaciones que mencionas .. pero, fijate que la definción de "cookie" incluye un parámetro sobre el "dominio" que es válida dicha cookie; y el directorio que será válido ... en muchos casos hay que indicar expresamente "/" como "el raiz de tu servidor virtual".
Con el tema de definición del dominio .. si usas:
www.dominio.com
Con las www .. sólo será valida la cookie si entran por
http://www.dominio.com pero no por
http://domino.com .. el "www" es considerado como un "sub-dominio" mientras que sin www sería para todo sub-domino que tengas creado para ese dominio principal (desde
www. hasta cualquiercosa.domino.com).
(Por lo menos en PHP suele dar resultados .. y como la definición de las cookies no depende de ningún lenguaje de programación en concreto ... supongo que será aplicable a aplicaciones escritas en Perl)
Un saludo,