Cambia la consulta que tienes, bueno en realidad solo la forma de unirlas, en vez de un INNER JOIN, haz un LEFT JOIN, eso sacará todas las agencias, y solo las delegaciones existentes.
SELECT Agències.Codi, Agències.Nom, Delegacions.Nom
FROM Agències LEFT JOIN Delegacions ON Agències.Codi = Delegacions.Agència;
Un saludo
