Puedes ver como trabajar con archivos de texto plano desde PHP en las funciones del grupo:
fopen() y afines (hay muchos ejemplos)
www.php.net/fopen
El procedimiento o "técnica" más o menos lo tienes claro y el trabajo con la cookie. Sólo te hace falta controlar tu $contador de lo que leas de ese archivo y actualizarlo cuando corresponda (cuando tu cookie no exista).
Un saludo,