Hola,
te cuento la diferencia entre implementar 2 o 3 tablas.
Si implementas 2 tablas (tal y como cuentas tu en tu post), estas indicando que una empresa puede tener muchos clientes pero un cliente solo puede estar relacionado con una empresa (que supongo que no es lo normal), seria una relacion uno a varios, lo normal es que una empresa tenga varios clientes y un cliente pueda estar relacionado con varias empresas, no? En este caso, seraia una realacion varios a varios, por lo que deberias crear 3 tablas, ya que en la tercera tabla es donde tendrias las relaciones entre los clientes y las empresas (la clave primaria seria los 2 campos -> idempresa e idcliente).
Espero que te haya quedado algo mas claro, todo depende del significado que tu quieras darle...
un saludo.
