Esta pregunta es muy frecuente y la respuesta es:
No, no se puede cambiar el formato de almacenamiento de fecha. Además, en qué te afecta la forma en que se almacena la información? lo importante es la forma en que se le debe presentar al usuario y para eso tenes la herramienta de desarrollo web que estes usando (java, javascript, php, asp, etc) o en su defecto, las funciones de manejo de fecha propia de MySQL.
13.5 Date and Time Functions