Gracias Cluster por tu sugerencia y obviamente la voy a seguir, así que generaré mi propio form de login y manejo todo el proceso de la sesión y listo chau el problema. Te agradezco tu respuesta ya que me evitas seguir perdiendo tiempo en dar vueltas tratando de resolver algo que tal vez no dependa de mi script.
Muy interesante la idea de colocar algunos archivos "sensibles" fuera del root, otra cosa que también voy a probar.
Muchas Gracias!!!