Puedes ir estudiando el comando:
dir()
www.php.net
Pero te vendría bien tal vez tomar alguna aplicación ya hecha para tal fin (gestion de archivos para "Upload"/"donwload") y la creación de tu arbol del directorio o categorías.
Puedes ver scripts/aplicaciones de ese tipo en sitios como:
www.hotscripts.com
Un saludo,