Hace poco estaba en el mismo lio, lo solucione asi:
Te vas a acces abres tu base de datos, abres una de las tablas le das Archivo - Exportar digitas el nombre y buscas guardar como tipo: archivo de texto con tabulaciones.
Hasta aqui ta tienes los datos en un archivo .txt. Ahora creas la base de datos en mysql con la tabla que vas a pasar (claro deben tener los mismos campos).
Ahora en la linea de comandos del mysql digitas
use TUBASEDEDATOS;
load data local infile "c:/TUTABLA_ACCES.TXT" into table TUTABLA_MYSQL;
Suponiendo que dos datos que exportaste de acces estaban en c: y que se llamaba TU_TABLA_ACCES.
con este programa tambien lo puedes hacer: MyDB Converter
http://www.mysql-hispano.org/index.php?m=read&id=227.