Hola yo hago mi backup de mi bd mysql asi
mysqldump --opt -u usuario -p Base_de_datos > /var/www/html/backup/Base_de_datos.sql
* donde dice usuario colocas tu usuario
* Base_de_datos = tu base que quieres respaldar
* cuando ejecute la orden te va a pedir el password por lo que a la instrucción le colocamos - p
* /var/www/html/ = es el directorio donde normalmente estan publicadas las paginas
espero que te sirva
