Cuando programas con el Visual Studio.NET tienes lo que se llama el CodeBehind,es decir,realizas el diseño por un lado,programas por otro y luego el mismo VS te lo "une"
Por eso no hace falta que uses el <% %> en el VS con el archivo .vb para poner las funciones y demas ^_^, usa el <% %> si quieres poner algo en la pestañita de HTML,como funciones para cambiar el color,o lo que sea.
Espero que te haya quedado clarito,un saludo