Ok, la razón por la cual no te funcionan, puede ser debido a los files y buffer que necesita ese exe para poder trabajar con más facilidad. Yo tenía ese problema con una aplicación que hice hace muchos años en Clipper y cuando llego el NT, Me, 2000 y XP, lo resolví creando un CONFIG propio y problema resuelto. Te voy a dejar un mensaje donde trate de explicarle a alguien ese método que al parecer no le funcionó, pero talvés a vos si te sirva.
Problema config.nt.
Nota: Si te pones a buscar en algún buscador de internet, vas a encontrar métodos para modificar directamente el autoexec.nt y config.nt en NT, 2000 o XP pero yo prefiero no tocarlos ya que son muy sensibles y porque no todas las aplicaciones DOS necesitan la misma configuración. Es mejor trabajarlos en forma independiente.