Bueno, ahora que pensando en lo que dices de VirtualHost, no sé si tu configuración sea algo como esto, con una IP estática funciona bien.
<VirtualHost 280.23.81.61>
ServerName www.undominio.net
ServerAlias undominio.net mail.undominio.net
DocumentRoot /var/www/html/
TransferLog /var/log/httpd/undominio.net.log
ErrorLog /var/log/httpd/undominio.net.error
</VirtualHost>
<VirtualHost 280.23.81.61>
ServerName www.midominio.com
DocumentRoot /var/www/html/midominio
TransferLog /var/log/httpd/midominio.log
ErrorLog /var/log/httpd/midominio.error
</VirtualHost>
Saludos
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</a>