El primer candidato sería el disco duro, pero por lo que comentas parece haber quedado un poco descartado.
Prueba otras causas: Revisa la temperatura del sistema (CPUCool, AIDA32 o MotherBoard Monitor), normalmente rondas los 50 grados.
También revisa la memoria RAM con
www.memtest86.com o
www.memtest.org
Dices hacer resintalado y formateado, y el hecho de que marque error de CRC incluso para los archivos en CD es lo que me hace pensar que no es el HDD