Dependiendo del tipo de lenguaje que utilices pero por ejemplo en VB o Builder dolo tienes que poner la propiedad del formulario principal como Visible=false y showtaskbar=false, con esto cada vez que corras el programa no mostrara huella de ejecucion inclusive en Win NT,2000,xp,2003 no se mostrara en aplicaciones si no mas bien en procesos.
Para que se ejecute al inicio de la Pc tienes que introducir un valor en el registro en:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\Run
click derecho, nuevo, valor alfanumerico y ahi introduces la ruta completa y el nombre de tu programa.
Y listo.
Saludos
