hol@, pensé que ya no respondería nadie.
Bueno, el caso es que ya está todo arreglado. Al final se trataba de un problema con el cortafuegos (utilizo el Kerio) el cual no me dejaba entrar en la página de configuración de phpMyAdmin.
Solo tuve que añadirle las reglas necesarias y asunto resuelto. Pude eliminar al usuario root, configurar al usuario Pepe y hacer todo lo demás siguiendo las instrucciones de ese magnifico tutorial.
Ahora solo me queda instalar el PHP-nuke y saber como personalizarlo.
De todas formas, gracias por la respuesta
Saludos