Hola, me respondo a mi mismo.
El problema era de otra funcion que habia entre las etiquetas <javascript></javascript>.
De todas formas lo he cambiado y ha quedado asi :
<script language="JavaScript">
function EnviarTema(cURL){
window.open(cURL, 'enviartema', 'toolbar=no,location=no,directories=no,status=no,m enubar=no,scrollbars=no,resizable=no,width=400,hei ght=400,top=200,left=300')
}
y la llamada:
<a href="javascript
:EnviarTema('enviatema.php?tema=<? php echo"$tema" ?>&nombretema=<?php echo"$cTemaFormateado" ?>')">enviar</a>
Y funciona, hay lo dejo por si ha alguien le sirve.
Un saludo.