Hola
Con virtualdubmod no deberías tener ningún problema para cortar cualquier tipo de archivo AVI o OGM, ya sea DivX, Xvid... o con audio MP3, AC3, WMA, OGG...
www.mundodivx.com/varios/dividiravi.php
En cuanto a la codificación, yo no lo haría con Nero, porque suele fallar muy a menudo, y además no tienes capacidad de control sobre lo que hace. Usaría otro programa como tmpgenc o el Canopus Procoder. El caso es que para que funcione bien tienes que tener los codec correctamente instalados y sin conflicto entre ellos (por eso los pack de codecs no suelen servir).
Un saludo
