No me habia dado cuenta de que los indices no se copian. Personalmente no se me ocurre otra forma de hacerlo que no sea con el alter table.
Lo que podrias hacer, es que todos los indices se llamen siempre 'ID', por ejemplo. Así, puedes hacer la misma instrucción sql valida para cualquier tabla, con el alter table.
Siento no poder dedicar tiempo a investigar y darte una solucion mejor
