Puedes enviar los nuevos datos a la página padre con algo tipo...
<script language="javascript" type="text/javascript">
opener.document.nombreFormulario.nombreCampo.value = nuevoValor
</script>
nuevoValor puedes escribirlo directamente desde php
Pon una línea como esa (la que está en negritas) para cada campo en la página madre que deba recoger un valor desde la popup
