La estabilidad entre esos SO, es relativo ya que depende de la forma en que se configuren. Una cosa que si he visto mucho en los SO wintendo, es que no administran bien la memoria llega un momento en que el servidor se vuelve muy lento y la única forma que se "normalice", es reiniciando el servidor, de esa forma se agiliza. Linux, si administra bien la memoria.
Wintendo NO es 100% multiproceso y en muchas ocasiones (por no decir en todo momento) si algo se queda "pegado" se debe reiniciar el equipo. En Linux el multiproceso es 100% real ya que su kernel o estructura está basada en UNIX... Si un proceso se bloquea, se puede matar la tarea sin interferir con los demás procesos.
IBM vende ahora sus servidores con Linux Red Hat para abaratar costos y por que son eficientes. Novell esta haciendo lo mismo con SuSe.
Muchos sitios web a nivel mundial se estan pasando de wintendo a Linux.
Linux va ganando terreno año con año por lo que si fuera malo, ya hace tiempo hubiera desaparecido.
La carga de linux en relación a un servidor Windows es mucho más rápida.
Te puedo dar muchas razones e incluso el servidor donde estaba inicialmente HOTMAIL, estaba en Linux y al pasarlo a servidores windows, comenzaron los problemas, pero mejor te dejo un filtro en google para que te des una idea más amplia.
linux vs windows