Tienes que cargar todo el archivo en una variable @array, donde cada linea del archivo sea un elemento del array, luego eliminas el último elemento con la función POP, de manera
OPEN...
@array = <...>;
pop(@array);
CLOSE...
Fíjate en
http://perlenespanol.baboonsoftware.com/tutoriales/ que escribí dos tutoriales sobre como utilizar bases de datos tipo TXT
Espero que te sirva