Pues no tendría por qué influír el directorio en el que se encuentren las páginas....
¿yá pusiste esto en la página que se carga por defecto en el frame principal (donde cargan los contenidos)?
Código:
<script language="JavaScript">
//Evitar páginas fuera de su frame
//http://javascript.tunait.com/
if(top==self) top.location="paginasenframe.htm"
if(top.location.search.substr(1) != "" && top.red == true)
{
top.red = false
location.href = top.location.search.substr(1)
}
</script>